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组织特异性干细胞是多能干细胞，因为它们可以变成许多不同但不是类型的细胞。多能干细胞之所以如此命名，是因为它们能够转化为体内的细胞。这些仅在胚胎发育的早阶段被发现。2006 年，科学家们还发现了一种“导”多能性的方法，如下文导多能干细胞 (iPSC) 部分所述。全能干细胞具有与多能干细胞相同的能力，因为它们可以变成体内组织的组成部分。然而，它们还具有长成胚胎细胞和发育中胎儿的能力，这是其他干细胞类型无法做到的。
具体而言，脊髓损伤、多发性硬化、中风、肌萎缩侧索硬化症、老年痴呆症、骨关节炎、股骨头坏死、椎间盘退化、心肌梗死、肝硬化、克罗恩病、间质性肺病、系统性红斑狼疮、勃起功能障碍以及卵巢早衰是研究得较为多的疾病。未来这些患者有望更早地受益于间充质干细胞治疗。
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干细胞疗法是一种再生医学，旨在通过减少炎症和调节免疫系统来修复体内受损的细胞。这种现象使干细胞疗法成为适用于各种疾病的可行治疗选择。 干细胞疗法已被用于治疗自身免疫、炎症、神经、骨科疾病和外伤，并进行了关于克罗恩病、多发性硬化症、疮、慢性阻塞性肺病、帕金森氏症、肌萎缩性侧索硬化症、中风康复等的研究。虽然新的干细胞疗法不一定能治愈这些病症，但前提是让身体能够很好地自我修复，以缓解长期需要的症状。在许多情况下，这种作用可以显着提高患者的生活质量并延缓疾病进展。
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干细胞具有的内在特性，可以吸引它们在体内发生炎症。研究表明，干细胞治疗可以再生受损或患病的组织，减少炎症并调节免疫系统，从而促进的健康和生活质量。间充质干细胞通过旁分泌效应（细胞信号以改变现有细胞的行为）或直接细胞间接触影响组织修复来做到这一点。“ MSC能够迁移并专门播种到受损的组织部位，在那里它们可以分化成功能性细胞以替换受损或患病的细胞”显示 mscs 机制的图表Mao F. 等人进行的基于干细胞的研究。发现源自脐带组织 (MSC) 的间充质干细胞通过涉及自我更新和分化的机制促进组织再生，支持血管生成和组织细胞存活，并限制炎症。”MSCs由于其自我更新、分化、和免疫调节特性而广泛用于各种干细胞治疗。体外（在实验室环境中进行）和体内（在活生物体中进行）研究支持了对MSC治疗在临床应用中的机制、性和有效性的理解。
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