中国批准的干细胞医院海南
干细胞疗法存在许多风险。首先， 移植物抗宿主病的风险伴随着同种异体干细胞移植——一种使用供体细胞而不是患者自身细胞的移植。在这种情况下，供体细胞在进入宿主体内后可能会启动针对宿主的免疫反应。它们攻击宿主细胞，就好像它们是供体自身体内的外来入侵者一样。这会导致腹泻、皮疹、眼睛刺激，如果持续时间长，甚至会导致死亡。当然，也有可能宿主也会排斥移植物，这也会导致疾病，如果移植物不接受，就会死亡。
按分化潜能，干细胞可分为，全能干细胞，多能干细胞，单能干细胞。
全能干细胞:具有形成完整个体的分化潜能，如受精卵。
多能干细胞:具有分化出多种细胞组织的潜能。如胚胎干细胞（ES）。
单能干细胞:只能向一种或两种密切相关的细胞类型分化。如神经干细胞、造血干细胞。
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胚胎干细胞通常在实验室中作为“干细胞系”生长，这是人类细胞的培养物，可以维持和扩增以增加多能干细胞的总量。几个人类胚胎干细胞系已经建立并用于研究目的。胚胎干细胞的使用是一个有争议的话题，因为需要破坏胚胎才能获得它们。这引起了伦理方面的担忧，许多国家的法律和指南都对胚胎干细胞的使用进行了规范。尽管存在这些争议，但对胚胎干细胞的研究使人们对有了的了解。胚胎干细胞有可能用于开发针对多种疾病和病症的新疗法。
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其他风险与参加程序的风险相同。总是一个危险。虽然抗生素通常可以治疗切口部位可能发生的细菌，但不能无论如何都不会发生。同样，无论手术过程如何，患者都可能在麻醉下死亡，尤其是年龄较大或身体虚弱的患者。然而，干细胞移植的大风险之一是细胞可能不受控制地生长。不受控制的细胞基本上就是癌症的定义，这显然是一个严重的问题。科学家需要更多的研究来确定什么可以大程度地减少或消除这些风险。干细胞研究中大的障碍之一是与干细胞治疗相关的成本。目前，大多数健康保险公司不支付干细胞治疗费用，这让患者需要支付大量自付费用。虽然有些人有资金来做这件事，但很多人没有。
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