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通常，研究人员从中获取干细胞。成体干细胞存在于身体的其他部位，但它们可能更难获取或需要在人类发育的某个阶段收集（例如，牙髓干细胞）。然而，外周血、骨髓和脂肪储存是干细胞的现成来源。一旦研究人员更多地了解导多能干细胞在临床应用中的用途，治疗选择可能会进一步扩大。根据患者使用的干细胞，采集过程看起来会有所不同。。有时，随着时间的推移，它们会在实验室中得到增强以增加它们的数量，之后它们会被重新注射回患者体内。研究人员将此称为自体移植，本质上意味着该程序从头到尾都使用患者自己的细胞。
具体而言，脊髓损伤、多发性硬化、中风、肌萎缩侧索硬化症、老年痴呆症、骨关节炎、股骨头坏死、椎间盘退化、心肌梗死、肝硬化、克罗恩病、间质性肺病、系统性红斑狼疮、勃起功能障碍以及卵巢早衰是研究得较为多的疾病。未来这些患者有望更早地受益于间充质干细胞治疗。
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MSCs因其具有自我更新、分化、和免疫调节等特性而被广泛用于治疗各种疾病。体外（在实验室环境中进行）和体内（在活生物体中进行）研究支持了解MSC治疗在临床应用中的机制、性和有效性。(3)根据 Biehl 等人近进行的一项研究，“干细胞的两个定义特征是永久的自我更新和分化成专门的成体细胞类型的能力。” (1)导多能干细胞 (iPSC) 经过基因重编程，具有胚胎干细胞的特征。它们是通过使用载体或其他方法将特定基因引入成体细胞（例如皮肤细胞）而产生的。由此产生的细胞称为iPSC，可以自我更新并分化成体内的细胞类型，类似于胚胎干细胞。
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“不存在重大伦理问题、免疫原性低和具有免疫调节功能的特点使MSCs成为干细胞治疗的有希望的候选者。” – 姜等。(10)干细胞可以以多种方式施用；IV干细胞疗法（静脉内给）、鞘内（直接进入椎管）、向问题区域（膝盖、臀部、手等）注射干细胞。干细胞研究发现，不同的给方法会对患者产生不同的影响，因此在选择给途径之前应全面考虑。很难明确地说出世界上好的干细胞疗法是什么，因为这取决于所治疗的医疗条件和所使用的干细胞的具体类型。然而，研究表明，间充质干细胞 (MSC) 在多种医学条件下都显示出可喜的结果，被认为是一种有效的治疗选择。
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